SliceBridgeは、SegRef3Dから出力したNIfTIラベルマップの輪郭間に 空白スライスを挿入し、3D Slicerの Fill between slices で補間できる 基準スライスデータを作成するWebアプリです。
ファイルはサーバーへアップロードされません。読み込み、変換、圧縮、 ダウンロードまで、すべて使用中のブラウザ内で処理されます。
たとえば、元のNIfTIが次の条件だったとします。
896 × 896 × 226.5 mm10SliceBridgeで変換すると、以下のNIfTIが作成されます。
896 × 896 × 2110.65 mm元データのラベル値、原点、向き、実寸範囲は保持されます。
SliceBridge自体は形状を補間しません。
空白スライスを用意した後、3D Slicerで補間を実行します。
.nii、.nii.gzSegRef3Dでセグメンテーションを確認・修正した後、
Export NIfTIからラベルマップを出力します。
上下方向を反転したデータが必要な場合は、SegRef3D側で
Export NIfTI (Reversed)を使用してください。SliceBridgeは、読み込んだ
NIfTIの向きと原点を維持したまま変換します。
.niiまたは.nii.gzを画面へドラッグ＆ドロップします。通常は自動判定のままで構いません。X・Y・Zのうち、Voxel spacingが
最も大きい方向が自動的に選択されます。必要な場合は、X軸、Y軸、Z軸を
手動で指定できます。
元の1スライス間隔を何分割するか指定します。
10を指定：元の輪郭間に9枚の空白スライスを挿入設定欄に表示される変換後のspacing、画像サイズ、推定データ量を確認します。
Anchor NIfTIを作成を押します。ダウンロードを押して、作成された.nii.gzを保存します。出力ファイル名の例：
segref3d_labelmap_anchor_z0p65mm.nii.gz
Add dataを開きます。.nii.gzを選びます。DescriptionをVolumeにして読み込みます。Segment Editorモジュールを開きます。Source volumeで、読み込んだNIfTI Volumeを選択します。Addを押して、空のセグメントを1つ作ります。Thresholdを選択します。Threshold Rangeの下限と上限を、どちらも1.00にします。Applyを押します。これで、Volume内のラベル値1の領域だけが最初のセグメントへ入ります。
ラベル値2以降も、整数値ごとにセグメントを分けて抽出します。
Addを押し、新しい空のセグメントを作ります。Thresholdを選択します。2なら、Rangeを2.00–2.00にしてApplyします。3なら、さらにAddして、Rangeを3.00–3.00にしてApplyします。ラベル値1：Add → Threshold → 1.00–1.00 → Apply
ラベル値2：Add → Threshold → 2.00–2.00 → Apply
ラベル値3：Add → Threshold → 3.00–3.00 → Apply
SliceBridgeの読み込み画面に表示されたラベルの整数値だけを作成すれば十分です。
必要に応じて、各セグメントを骨盤骨、内閉鎖筋、肛門挙筋などの名称へ変更します。
Fill between slicesは、選択中のセグメントだけでなく、目のアイコンがONに
なっているすべてのセグメントを同時に処理します。
Fill between slicesを選択します。Initializeを押し、表示中の全セグメントの補間プレビューを確認します。Applyを1回押します。Segment_1・Segment_2・Segment_3を表示
→ Fill between slices → Initialize → Apply（各1回）
青く選択されているセグメントではなく、目のアイコンによる表示状態が処理対象を
決めます。一部だけを補間したい場合は、対象外のセグメントを非表示にしてから
Initializeを押してください。なお、この補間はSource volumeの濃度ではなく、
セグメントの形状を用いて計算されます。
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.hdrと.imgに分かれた2ファイル形式これらの場合は、3D Slicerなどで3次元のNIfTI-1整数ラベルマップへ変換してから 使用してください。