SegRef3D

Changelog

Release and development history moved from the main README. Dates and descriptions before this move are preserved in their original language.

2026.9.29 — Prediction import without reloading a model

• Enable Custom Model prediction import whenever a source volume is loaded. Creating an Inference Request still requires a compatible Model ZIP.
• Show Result ZIP provenance and target before importing without a model. A loaded model’s provenance mismatch requires confirmation; source fingerprint, geometry and prediction integrity failures remain hard errors. Always restore the result target Obj ID and preserve custom object names.
• Preserve Replace/Merge, non-target overlap protection, skipped-overlap reporting and one-step Undo; add Node and browser regression coverage for model-free imports and mismatch confirmation/cancellation.

2026.9.28 — TrainRef3D Colab shortcut

• Add a persistent, discreet Colab link above the dataset workflow; opening it uploads no data automatically.

2026.9.28 — Lite Custom Model navigation

• Add an Open TrainRef3D link to the Custom Model panel for model creation before inference.

2026.9.24 — TrainRef3D spatial flips disabled by default

• Default to intensity-only augmentation to preserve anatomical laterality/orientation, including right/left obturator internus targets. Keep preprocessing and crop order unchanged.
• Add explicit TrainingConfig.spatial_flip_probabilities and Colab advanced configuration, defaulting to (0.0, 0.0, 0.0) in RAS (R-L, A-P, S-I) order. Reject malformed, non-finite and out-of-range probabilities; add transforms only for positive probabilities.
• Record actual per-axis probabilities and axis order in Model ZIP preprocessing metadata. Keep model format, state_dict, inference and target Obj ID contracts unchanged.
• Add augmentation, notebook, split reproducibility and legacy inference compatibility tests. The seed-42 case split algorithm is unchanged; real Model v1 comparisons require the same development case IDs and verification against its saved train/validation IDs.

Unreleased — Lite legacy SVG mask migration

• Legacy SegRef3D SVG masks can be imported and converted to the current editable label-mask format.
• Preserve Local GPU’s 20-color/Obj mapping and aliased odd-even contour interpretation. Review old DICOM filename order versus canonical slice order before import; reject missing, duplicate, zero-based slices, mismatched dimensions and unsafe/unsupported SVG features.
• Add canonical colored SVG ZIP export with a mask manifest and lossless pixel contours. Imported masks support editing, cleanup, Undo/Redo, PNG/Project ZIP, NIfTI and Training Data ZIP.
• SVG remains a 2D slice mask; the loaded source volume supplies 3D geometry. See migration details.

2026.9.10 — Local GPU v1.3.2 Windows x64 runtime fix

• Fixed WinError 193 caused by ARM64-host MSVC runtime DLLs in the x64 bundle. Explicitly collect hash-pinned Microsoft x64 redistributables and remove ctypes preloads.
• Reject ARM64/CHPE/native architecture mismatches before packaging and after ZIP extraction. Runtime verification now fails on nonzero exit codes or missing success markers.
• Enable Seg CT/MRI for compatible DICOM CT/MR volumes in Lite and Local GPU, with modality metadata, generated NIfTI input and patient-space geometry validation.
• Identify the v1.3.1 Windows GPU ZIP as unsuitable for native x64 distribution. Release the unchanged v1.3.2 ZIP after architecture, CRC, hash and automated-test checks. Native x64 startup, VTK and NVIDIA SAM2 verification remain post-release checks; this ARM64 host’s Smart App Control blocks the unsigned EXE.

2026.9.9 — Local GPU v1.3.1 and Lite DICOM Job ZIP fix

• Fixed Qt graphics-item ownership and cleanup around Auto Erase, Box Prompt, scene refresh and mode changes, without changing segmentation or mask formats.
• Fixed Lite DICOM Create Input ZIP by exporting the existing image-only display canvas, including window/level, brightness and contrast. Job ZIP schema is unchanged.
• Added Windows signature audit, guarded signing, formal ZIP preparation and post-extraction verification. This release is explicitly unsigned; Smart App Control blocking of internal VTK PYDs remains a documented known issue.
• Bumped the Local GPU patch version to distinguish these fixes from published v1.3.0. The published Local CPU v1.2.6 artifact and download link are unchanged.

2026.9.1 — InferRef3D MVP (local implementation)

• Added SegRef3D Lite Custom Model workflow for strict browser-local validation of trainref3d-model-1.0, canonical source compatibility/fingerprints, and versioned inference requests.
• Added InferRef3D Colab launcher/notebook/backend with weights-only MONAI UNet reconstruction, manifest-driven preprocessing, AMP sliding-window inference, and nearest-neighbor restoration to the exact original oblique/anisotropic grid and original target Obj ID.
• Added source/model/prediction-bound Result ZIP import with protected Merge/Replace, overlap counts, default-name policy, one-step Undo, and direct Training Data ZIP reuse. Added Node/Python units and synthetic CPU E2E. GPU inference smoke remains a separate post-publication validation step.

2026.8.31 — TrainRef3D MVP (Tesla T4 mechanical validation complete)

• Separate train-web/ app validates multiple Training ZIPs locally, selects one binary target, requires annotation-completeness confirmation and packages trainref3d-dataset-1.0 nested ZIPs.
• Added bounded ZIP/NIfTI validation, geometry/label/channel consistency and privacy safeguards without changing existing Lite runtime/export modules or LFS assets.
• Added Colab launcher/notebook and Python MONAI 3D U-Net backend with case-level split, per-axis median spacing, patch sampling, AMP, early stopping, foreground Dice and trainref3d-model-1.0 state-dictionary model ZIPs. One-case runs are explicitly smoke-only.
• Added Node/Python units, cross-language fixtures, CPU forward/backward/checkpoint smoke test, T4 GPU training-pipeline smoke validation and CI. The browser Choose File upload boundary remained manual; no clinical performance claims or automatic uploads.

2026.8.30

• SegRef3D LiteのExportへ、1症例のimage channel、Obj IDを保持するNIfTI labelmap、versioned manifest.jsonをまとめるTraining Data ZIPを追加。scalar NIfTIの元bytes再利用、DICOM slope/intercept適用済みFloat32、RGB 3-channel分離、geometry再parse validation、PHI metadata非転記、空mask warning、16-bit TIFFの明示的degradation policyに対応。生成はbrowser localのみで、model training自体は未実装。

2026.8.28

• README／READMEJPを、画像種・目的・版選択・Tutorialを中心とする短い導入ページへ再構成。
• SegRef3D Local GPU／Local CPU v1.2.6の正式なDropbox download linkを公開。
• AI相談用guideとllms.txt／llms-full.txtを追加。

2026.8.26

SegRef3D source versionを1.2.6へ更新。Windows GPU版／Lite CPU版のデスクトップGUIを、基本操作だけのTop Toolbar、縦型Object Panel、中央Image View、カテゴリ別Tool Panel、Slice Navigation、コンパクトなStatus Barからなる3カラム構成へ再設計。Object row選択とTarget Objectを同期し、wheel・PageUp/PageDown・F/R・J/Uを含む全画像切替をslice slider／番号表示へ反映。Lite版ではローカルSAM2 controlsを非表示にし、Seg on Web導線のみを表示。

Lite Webも同じObjects | Image View | Toolsの3カラム構成へ再設計。Top command barをOpen／Fit／統合Undo・Redo／Exportへ簡素化し、Object rowを唯一のTarget selectorとしてExtract・Cleanup・AI Setupと同期。Canvas下に直接番号入力付きslice sliderを追加し、AI SegmentationをSetup → Input ZIP → Colab → Resultの4-step workflowとしてTools dockへ統合。desktop／narrow／mobileでは同じ機能を維持し、狭い画面ではObjectsとToolsをdrawer表示する。

手描き編集にCurrent Slice／All Pending Slicesを追加し、Add／Erase／Transferの対象範囲を明示。複数sliceへの一括適用は1回のUndo/Redo transactionとして保持し、Transferは描画範囲内の選択objectだけを変更。Top ToolbarのUndo／Redoを線編集とmask編集に統合し、Ctrl+Y／Ctrl+Shift+ZによるRedo、window resize時のzoom保持、主要controlのtooltip、処理中だけ表示されるprogress barを追加。

SegRef3D source versionを1.2.5へ更新。Windows GPU版／Lite CPU版の共通機能として、Lite Web互換のMask Cleanup（Fill Holes、Remove Small Islands、Keep Largest Component、Smooth Boundary、Dilate、Erode）と、signed-distance fieldによるInterpolate Between Framesを追加。

対象object以外のlabelを保持し、Current Frame／Frame Range／All Framesを選択可能。複数frameへの処理も1回のUndo/Redo transactionとして扱い、変更maskは既存のlabel PNG autosave・NIfTI／TIFF／STL出力へそのまま反映。処理はSciPy／NumPyによるCPU共通実装で、Lite版へTorch／CUDA依存を追加しない構成を維持。

2026.8.25

Lite Webの研究workflowを再構成し、Volume Statistics、Mask Cleanup、Label Manager、slice mask interpolation、TIFF stack import、Three.js 3D preview、Project Checkを追加。Objects panelをtarget選択の中心にし、Seg on Web操作をSetup → ZIP → Colab → Resultの1つのpanel、各種出力をExport menuへ統合。

Seg on Web jobを、1 objectあたり1 tracking range＋複数box Keyframeへ後方互換拡張。segref3d-segjob-1.0を維持しつつ全promptをLite Web／Python validator／Colab backendで検証し、forward/reversed-backwardの両SAM2 stateへ投入。CUDA 12.8上の実SAM2でsingle prompt、2 Keyframe、複数objectのresult ZIP生成まで確認。

2026.8.24

SegRef3D source versionを1.2.4へ更新。

SegRef3D GPU版のBatch Trackingにobject名、Prompt Frame、object別Tracking Rangeを確認・編集できるBatch Jobsを追加。作業JPGと正式なmanifest.jsonを含むsegonweb_input.zipの出力、およびsegref3d_result.zipの検証・画像/mask/object情報復元に対応。

SegOnWebにGradioを使用しないjob backend notebookを追加。既存SAM2GUIforImgSeqv4_8.ipynbのSAM2.1 commit、checkpoint、config、box prompt、forward/reversed backward propagation、label PNG処理を維持し、複数object自動処理、進捗表示、result ZIP生成へ入出力部分を置換。

同じBatch Jobs / job ZIP / result ZIPワークフローをSAM2非搭載のWindows Lite版とLite Webにも追加。Lite環境でもpromptを準備してColabへ送り、画像系列・label mask・object情報を一括復元して、そのまま修正・NIfTI/TIFF/STL出力へ進めるよう更新。

2026.8.21

Lite WebにAuto Add / Auto Erase / Auto Transfer、読み込み後のwindow/level・明るさ・コントラスト調整、基準線キャリブレーション、Threshold/RGB抽出を追加。抽出は現在画像または全画像へAdd/Eraseでき、マスク編集履歴とブラウザ自動保存へ反映。

Lite WebにラベルマスクのNIfTI／マルチページTIFF書き出しと、1x／5x／10xのsigned-distanceスライス補完を使ったSTL書き出しを追加。

Lite WebにWindows版互換のVolInfo CSV Import / Exportを追加。DICOM／NIfTI読込時と基準線キャリブレーション完了時に*_volinf.csvを自動出力し、SpacingをNIfTI／STL、OriginをNIfTIのsformへ反映。

Lite WebにSeg on Webリンクを追加。当初はColab出力のラベルPNGをLoad Masksで戻す一方向ワークフローとして実装し、1.2.4でjob ZIP/result ZIP方式へ更新。

Lite WebのLoad MasksにReplace / Mergeを追加。Mergeでは読み込んだ非ゼロラベルを既存マスクへ重ね、重複部分は読み込んだラベルを優先。全画像のマスク・編集履歴・ブラウザ自動保存を確認付きで削除するClear Masksも追加。

2026.8.20

SegRef3D Lite Web Beta を公開。Windows / macOS / Linux / iPadOS などのモダンブラウザで、画像を外部送信せずにラベルマスクを編集できるブラウザ版を追加。GitHub Actions でマスク処理・ZIP出力の自動テストを実行。

Lite WebにラベルPNGのフォルダ／ZIP読込とProject ZIPの保存・復元を追加。ラベル値0〜20、画像名、枚数、寸法を確認してから一括反映し、読込後のマスクもブラウザへ自動保存するよう改善。

Lite WebにDICOM（.dcmおよび拡張子なし）とNIfTI（.nii／.nii.gz）の画像読込を追加。DICOMのスライス順、window/level、rescale情報と、NIfTIのvoxel datatype・slope/interceptを反映してブラウザ上の編集画像シーケンスへ変換。

2026.8.10

SegRef3D ver.1.2.3 を公開。

• GPU版を CUDA 12.8 / PyTorch 2.11 対応に更新し、RTX 50シリーズ（Blackwell、sm_120）を含む幅広いNVIDIA GPUへの対応を改善。SAM2を同梱しないLite版も追加。
• トラッキング範囲未設定時や Clear Box 操作時のエラーを防ぎ、CUDA非対応環境でもアプリ全体が終了しないよう安全性を改善。
• 3D出力に5x/10xのスライス間輪郭補間を追加し、断面間が滑らかなSTLを生成可能に変更。
• サイズの異なる画像の白キャンバス統一、2000px超画像の1000px縮小、ラベルPNG自動保存、オーバーレイPNG出力に対応。
• Add/EraseのUndo/Redo、マウスホイールによる画像切り替え、中ボタンドラッグによるキャンバス移動、グレー背景表示などの操作性を改善。

2026.5.1

SegRef3D ver.1.2.0 を公開。

マスク処理をラスター処理ベースに統一し、編集・保存・読み込みの安定性を改善。UIを整理し、基本操作を常設ボタンに、応用機能をExtensionsに集約。Seg on Webボタンを追加し、Web環境でのセグメンテーション実行に対応。Load VolInfo / Show VolInfoによるボリューム情報の読み込み・表示機能を追加。修正作業を効率化するため、Auto Addなどの自動編集補助機能を追加。

2025.11.13

SegRef3D ver.1.1.0 を公開。拡張子なしのdcmデータ、画像ファイル名のナチュラルソート、NIfTI出力、バージョン情報表示、STL previewへ対応。CT/MRIデータ使用時にvolume information CSVのz spacingが整数化される不具合を修正。UIを整理し、基本操作を常設、拡張機能を最下段へ配置。

2025.8.21

SegRef3DのPyTorch同梱build版を公開。ユーザーによるPythonおよびPyTorchのinstallを不要化。

2025.7.29

SegRef3Dを公開。

2025.7.3

SAM2GUIのローカル実行版を公開。

2025.6.10

SAM2GUIforImgSeqに、割り当て色番号の開始番号をユーザーが指定できる機能を追加（SAM2GUIforImgSeqv4.7.ipynb）。

2025.4.14

Segment Editor PPに一括処理などのマクロを複数追加（SegmentEditorPPv2.0.pptm）。

2025.3.11

• No module named 'sam2'となるエラーを修正（SAM2GUIforImgSeqv4.6.ipynb）。
• PyTorch + CUDA + cuDNNの互換性を修正（SAM2GUIforImgSeqv4.3.ipynb）。

2025.2.4

SAM2 GUI for Img Seqのリセット方法を明記（SAM2GUIforImgSeqv4.2.ipynb）。SegmentEditorPPの新しいバージョンを追加（SegmentEditorPP1.4.pptm）。

2024.11.19

SAM2 GUI for Img SeqをSAM2からSAM2.1へ更新（SAM2GUIforImgSeqv4.0.ipynb）。

2024.10.25

• Segment Editor PPにグレースケールmask画像の出力機能を追加（SegmentEditorPPv1.2.pptm）。3D Slicerでのsegment認識を簡略化し、Tutorialを更新。
• SAM2 GUI for Img Seqにグレースケールmask画像の出力機能を追加（SAM2GUIforImgSeqv3.6.ipynb）。

2024.10.17

SAM2 GUI for Img Seqにvectorization（SVG出力）を追加（SAM2GUIforImgSeqv3.4.ipynb）。これによりVectorizer Colabを介した変換を不要化。ColorChangerにもvectorizationを追加（ColorChanger_v1.3.ipynb）。

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